Esta técnica se recomienda para aquellos casos de infertilidad en los que existe una muy baja concentración de espermatozoides en el eyaculado del hombre. La aspiración de espermatozoides del epidídimo también está aconsejada para aquellos casos en los que hay una ausencia completa de espermatozoides en la muestra (azoospermia obstructiva) debido al bloqueo o ausencia congénita de los conductos deferentes.
Además, aquellos varones que se hicieron previamente la vasectomía, pero que desean tener hijos, también se puede realizar este procedimiento para obtener espermatozoides.
Siempre que se lleve a cabo una aspiración de espermatozoides, habrá que complementarla con el ICSI (microinyección intracitoplasmática de espermatozoides) para intentar fecundar los óvulos.