Durante los primeros días de embarazo (antes de percibir la falta de menstruación), el embrión sufre rápidos cambios en su desarrollo hasta llegar a formar el blastocisto. Este es el nombre que se le da a los embriones que consiguen desarrollarse hasta día 5-6 de desarrollo y formar una estructura específica. Es en este estadío cuando debe implantar en el útero. Cuando esto sucede, se inicia el proceso de gastrulación, en el cual las células del embrión tienen que diferenciarse en tres capas (endodermo, mesodermo y ectodermo) y empezar a formar los órganos rudimentarios. Este periodo es especialmente sensible a cualquier tipo de tóxico, incluida la exposición al alcohol. Cualquier agresión podría alterar este proceso evolutivo del embrión y producir problemas en el mismo.
La mayoría de estudios llevados a cabo sobre el efecto del alcohol en estas fases tan tempranas se han llevado a cabo en ratones, y han demostrado que la ingesta de alcohol es claramente perjudicial. Se vio que el volumen placentario y el correcto funcionamiento de la placenta en ratones expuestos era mucho menor que en ratones que no ingirieron alcohol. Además, en un estudio se objetivó que una única dosis de alcohol en esta fase podría provocar malformaciones craneofaciales similares a las del síndrome alcohólico fetal.
Por ello, se recomienda a todas las mujeres embarazadas o que estén intentando quedarse embarazadas una abstención total de cualquier tipo de bebidas alcohólicas.